抱歉擾民，已自行解決。
更改UART16配置即可，範例程式的UART16腳位不是MA35D16F987的，更改如下:
Line 259 :
/* Set GPK multi-function pins for UART16 RXD and TXD */
    SYS->GPD_MFPH &= ~(SYS_GPD_MFPH_PD10MFP_Msk | SYS_GPD_MFPH_PD11MFP_Msk);
    SYS->GPD_MFPH |= SYS_GPD_MFPH_PD10MFP_UART16_RXD | SYS_GPD_MFPH_PD11MFP_UART16_TXD;